視乎大腸鏡檢查期間是否有切除瘜肉，政府將會就「大腸鏡檢查基本服務」提供兩種資助。

如果進行「大腸鏡檢查基本服務」期間有切除瘜肉，政府的資助金額為$8,500。此考慮到已登記大腸鏡醫生在切除瘜肉期間需時較長，並需使用較多儀器。

如果沒有發現或切除任何瘜肉，資助金額是$7,800。

「大腸鏡基本服務」的資助將分兩階段發放：

1. 首筆資助$300將會發放作大腸鏡檢查前的診症費用。為了推動持續護理，政府只會資助每名參加者一次大腸鏡檢查前的診症費用，此次資助只會發放予首個提交資助申請的大腸鏡醫生（即第一位於大腸癌資訊系統記錄參加者檢查前診症的大腸鏡醫生）。參加者需自費其後的大腸鏡檢查前診症費用。
2. 第二筆資助款項將於完成整個「大腸鏡檢查基本服務」後發放。

扣除政府資助後，大腸鏡醫生可就獲資助的大腸鏡檢查基本服務收取額外費用，但金額不應多於$1,000，目的是避免參加者在大便免疫化學測試結果呈陽性時，無法負擔大腸鏡檢查服務。不論進行大腸鏡檢查期間有否發現瘜肉，額外費用的上限均相同。額外費用將於進行大腸鏡檢查時，一筆過收取，並須於加入計劃時列明，以後不可更改。

衞生署建議大腸鏡醫生不收取額外費用，以鼓勵有經濟困難的人士參加計劃。，衞生署亦鼓勵收取額外費用的大腸鏡醫生，提供不收取額外費用的慈善配額(charity quota)予領取綜援或持有醫療費用減免證明書的人士。

下表是大腸鏡醫生提供服務後，收取政府資助的情況摘要：